La APN data de
1934, cuando fue creada por ley federal Nº 12.103/34 con el nombre de Dirección de Parques Nacionales. Juntamente con ella se creó el segundo parque del país, el
Parque Nacional Iguazú. El primero, el Parque Nacional del Sud, llamado luego
Nahuel Huapi, había precedido a la APN por 12 años; había sido creado en el terreno anejo a las 7.500
hectáreas donadas a la Nación en
1903 por
Francisco Pascasio Moreno, junto al
lago Nahuel Huapi en la
provincia de Río Negro.
La política de conservación establecía la prohibición de la
tala de árboles, de la
caza de animales silvestres, la edificación, la alteración de los cursos de agua o cualquier otra acción que empañase la belleza natural de la región. El interés científico, con todo y estar presente, resultó secundario en la elección de los primeros emplazamientos de parques naturales, fundados en 1937 en paisajes de singular belleza: el
Lanín,
lago Puelo,
Los Alerces,
Perito Moreno y
Los Glaciares.
Sólo a partir de la
década de 1940 el interés turístico, que había dado lugar a la creación de villas de turismo en varios puntos anejos a los parques, daría lugar a investigaciones científicas, cuya prioridad fueron los estudios de la
vegetación. La importancias de estos aportes al desarrollo de las ciencias naturales en el país motivó la erección de nuevos parques pensados como muestras representativas de la biodiversidad nacional:
Laguna Blanca en
1940,
El Rey en
1948,
Río Pilcomayo en
1951, y
Chaco en
1954, además del
Monumento Natural Bosques Petrificados ese mismo año.
La tarea continuó en los
años '60 con la creación de los Parques Nacionales
Tierra del Fuego (
1960) y
El Palmar (
1966). En
1967 la decisión de proporcionar fundamento científico a la estructura de parques llevó a la creación de la
Escuela de Guardaparques Bernabé Méndez en las instalaciones del Parque Nacional Nahuel Huapi, la primer institución destinada a la formación de guardaparques en toda Latinoamérica. En
1968 se creó la
Reserva Natural Formosa.
El decreto-ley 18.594/70 reorganizó el sistema de áreas protegidas, distinguiendo de manera formal entre parques nacionales —áreas cuya conservación en estado natural se dictamina por su representatividad fitozoogeográfica e interés científico—, monumentos naturales —áreas, cosas o especies vivas de animales o plantas, cuyo valor estético, histórico o científico, las hace merecedoras de protección absoluta— y reservas nacionales —áreas que interesan para la conservación de sistemas ecológicos, sin la protección especial concedida a los parques nacionales. Esa década presenció la creación de los Parques Nacionales
Los Arrayanes (
1971),
Baritú (
1974), y
Lihué Calel (
1977). El interés científico y ecológico se complementó en estos años con desarrollos educativos, potenciando la creación de centros de interpretación y la formación de los visitantes.
La última modificación del régimen legal se produciría en
1980, con la sanción de la ley Nº 22.351 de Parques Nacionales, Monumentos Naturales y Reservas Nacionales. Además de la fundación del
Parque Nacional Calilegua en
1980 y el
Monumento Natural Laguna de los Pozuelos en
1981, la descentralización de la tarea de conservación comenzó en
1985, con el diseño de la
Red Nacional de Cooperación Técnica en Áreas Protegidas, implementada al año siguiente, que funcionaría como instancia federal de coordinación y planificación para la red nacional de áreas protegidas, que abarca los parques provinciales al igual que los bajo la administración de la APN. Ya en ese régimen de coordinación se crearían los Parques Nacionales
Sierras de las Quijadas y
Predelta en
1991,
Campo de Los Alisos en
1995,
Los Cardones y
Quebrada del Condorito en
1996,
Talampaya en
1997,
San Guillermo en
1999,
Mburucuyá y
Copo en
2000. A estos se suman las reservas naturales estrictas —áreas de importancia por la excepcionalidad de sus ecosistemas, de sus comunidades naturales o de sus especies de flora y fauna, cuya protección se juzga necesaria para fines científicos de interés nacional, por lo que la interferencia humana se reduce a un mínimo— creadas en terrenos fiscales,
Otamendi,
San Antonio,
Colonia Benitez y
Leoncito.
El área bajo control de la APN ascendía en 2005 a 3.584.414 hectáreas, repartidas en 33 áreas, así como cuatro especies declaradas Monumentos Naturales: el huemul andino o taruca (
Hippocamelus antisensis), el yaguareté (
Panthera onca), el huemul (
Hippocamelus bisulcus) y la ballena franca austral (
Eubalaena australis).